La plupart de ces techniques ne sont pas disponibles partout. Leur coût est variable suivant les professionnels pour une même technique et elles sont souvent consommatrices de temps. Dans les centres de référence,  ces techniques sont réservées aux patients ayant des symptômes particulièrement sévères et résistants aux traitements plus « classiques ».

Hagege H. Les traitements alternatifs dans le syndrome de l’intestin irritable. Gastroenterol Clin Biol 2009, 33: S79-S83.  

Présentation "Traitements alternatifs et SII" par le Dr Pauline JOUET (réservé aux adhérents)

L'hypnose correspond a un état modifié de la conscience. Elle agit sur le cerveau. L'efficacité de l'hypnose a été démontrée sur les douleurs abdominales. Elle nécessite la réalisation de plusieurs séances. Ce type de traitement n'est pas adapté à certains patients qui résistent à l'hypnose.

Webb AN, Kukuruzovic RH, Catto-Smith AG et al.. Hypnotherapy for treatment of irritable bowel syndrome. Cochrane Database Syst Rev. 2007, 17.CD005110.

Les études testant l'efficacité de l'acupuncture sont souvent de qualité médiocre et ne permettent pas de conclure à une efficacité réelle mais plutôt à un effet placebo.

Lim B, Manheimer E, Lao L et al. Acupuncture for treatment of irritable bowel syndrome. Cochrane Database Syst Rev. 2006, 18;(4):CD005111.

Il existe différentes techniques de relaxation qui reposent sur le principe de la diminution de l'état de stress, facteur aggravant des symptômes.

Cela regroupe différents types de traitements allant par exemple du simple soutien psychologique aux thérapies comportementales ou cognitivo-comportementales. La qualité des études cherchant à valider ces traitements ainsi que les résultats sont très variables et ne permettent pas de conclure de façon formelle quant à leur efficacité immédiate et à plus long terme. Ces techniques ne sont pas disponibles partout, et nécessitent un investissement important pour le patient.

Certains patients ont recours à des cures thermales pour le traitement de leur symptôme. L'efficacité de cette prise en charge n'a pas été démontrée par des études indépendantes.

Elles reposent sur des traitements à base de plantes. Les études scientifiques sont souvent de qualité médiocre et il faut rappeler que l'utilisation de certaines plantes peut être toxique.

Les résultats des études sont contradictoires et ne permettent pas de recommander ce type de traitements. Deux études françaises sont actuellement en cours pour tester l'efficacité de l'ostéopathie. Cependant l'analyse de l'efficacité éventuelle de l'ostéopathie est rendue complexe par l'absence de standardisation de la technique.

Il existe peu de données sur l'influence de l'activité physique au cours du SII, mais une étude de 2011 semble montrer un effet favorable sur les symptômes.